Le climat du Bhoutan varie grandement selon l’altitude et subit l’influence de la mousson en particulier à l’ouest du pays. Les plaines méridionales bénéficient d’un climat subtropical humide. Les vallées himalayennes du centre et du sud sont tempérées, tandis que le nord est nettement plus froid, avec des neiges éternelles sur les sommets.

Les températures à Thimphou, située à 2'200 mètres d’altitude, vont de 15 à 26 degrés Celsius de juin à septembre, mais tombent -4° C en janvier. Au sud, la température descend rarement en dessous de 15° et peut atteindre 40° en été.

Les précipitations sont très éparses au nord, avec seulement 40 millimètres par année, principalement sous forme de neige. Les régions tempérées du centre reçoivent 1'000 mm annuels en moyenne, tandis que des records à 7'800 mm ont été enregistrés au sud.

La meilleure période pour voyager se situe entre Novembre et Avril.